Về địa hình, xã Hương Toàn nằm trọn vào vùng đồng bằng thấp trũng, được tạo thành bởi hệ thống sông Bồ chảy qua, đổ ra biển. Cấu trúc của địa hình trải dài và thấp dần theo chiều Tây - Đông. Với đặc điểm địa hình như vậy, hoạt động nông nghiệp ở Hương Toàn thường bị ảnh hưởng nặng nề bởi những trận mưa lớn gây nên lũ lụt vào mùa mưa.
Hương Toàn có đặc điểm khí hậu chung với khí hậu của thị xã Hương Trà là khí hậu nhiệt đới ẩm gió mùa và chịu tác động của khí hậu biển nên tạo cho xã có một số đặc trưng khí hậu như sau:
Nhiệt độ: nhiệt độ trung bình: 25,4o C
Nhiệt độ cao nhất vào tháng 5, 6, 7, 8 và thấp nhất vào các tháng 2 năm sau.
Độ ẩm trung bình: 84,5% các tháng có độ ẩm cao là 9, 10, 11.
